ഹേബർമാസിന്റെ ആദ്യകാല കൃതികളിൽ മതത്തോടുള്ള സമീപനം അവഗണനയുടേതായിരുന്നില്ലെങ്കിലും, തീവ്രമായ ആധുനികവൽക്കരണ പ്രക്രിയയിലൂടെ ലോകം 'മാന്ത്രികത നഷ്ടപ്പെട്ട' (Disenchantment) ഒന്നായി മാറുമെന്ന മാക്സ് വെബറിന്റെ സങ്കല്പത്തെ അദ്ദേഹം പിന്തുണച്ചിരുന്നു. ഈ പരിവർത്തനത്തിലൂടെ മതത്തിന് പകരമായി കേവല യുക്തിയിലധിഷ്ഠിതമായ ബോധഘടനകൾ നിലവിൽ വരുമെന്നാണ് അദ്ദേഹം മുൻപ് വിശ്വസിച്ചിരുന്നത്. എന്നാൽ കഴിഞ്ഞ രണ്ട് പതിറ്റാണ്ടിനിടെ തന്റെ ഈ ബൗദ്ധിക നിലപാടുകളിൽ ഹേബർമാസ് ആഴത്തിലുള്ള പുനർചിന്തനം നടത്തിയിട്ടുണ്ട് എന്നാണ് പണ്ഡിത പക്ഷം.

സാമൂഹികമായ 'സെക്യുലറൈസേഷൻ' (Secularization) സിദ്ധാന്തത്തെ പുനർമൂല്യനിർണ്ണയം ചെയ്തുകൊണ്ടാണ് അദ്ദേഹം തന്റെ നവീകരിച്ച വീക്ഷണങ്ങൾ അവതരിപ്പിക്കുന്നത്. സമൂഹത്തിന്റെ ക്രമാനുഗതമായ യുക്തിവൽക്കരണം രാഷ്ട്രീയ മണ്ഡലത്തിൽ നിന്ന് മതത്തെ പൂർണ്ണമായും പുറന്തള്ളുമെന്ന് അദ്ദേഹം പണ്ട് കരുതിയിരുന്നു. എന്നാൽ പശ്ചിമേഷ്യയിലെ ഇസ്‌ലാമിക ഉണർവ്, വടക്കേ അമേരിക്ക, കിഴക്കൻ യൂറോപ്പ്, ചൈന എന്നിവിടങ്ങളിലെ ക്രിസ്ത്യൻ ഇവാഞ്ചലിക്കൽ പ്രസ്ഥാനങ്ങളുടെ സജീവമായ ഇടപെടലുകൾ എന്നിവ ഈ ധാരണയെ അപ്രസക്തമാക്കി. മതം അപ്രത്യക്ഷമാകില്ലെന്നും മറിച്ച് അത് സാമൂഹിക മണ്ഡലത്തിൽ നിർണ്ണായക സ്വാധീനമായി തുടരുമെന്നും ഹേബർമാസ് ഇതിലൂടെ തിരിച്ചറിയുകയായിരുന്നു.

പൊതുജീവിതത്തിൽ മതത്തിനുള്ള പങ്കിനെക്കുറിച്ച് ജോൺ റോൾസിനെപ്പോലുള്ള ലിബറൽ ചിന്തകരുടെ നിലപാടുകളിൽ നിന്ന് വ്യത്യസ്തമായ ഒരു സമീപനമാണ് ഹേബർമാസ് സ്വീകരിക്കുന്നത്. ആധുനിക ബഹുസ്വര സമൂഹങ്ങളിൽ മതവിശ്വാസികൾ തങ്ങളുടെ ആശയങ്ങൾ എല്ലാവർക്കും ഗ്രഹിക്കാവുന്ന 'സെക്യുലർ' ഭാഷയിലേക്ക് വിവർത്തനം ചെയ്യണമെന്ന് റോൾസ് വാദിച്ചിരുന്നു. എന്നാൽ പൊതുചർച്ചകളിൽ പങ്കെടുക്കുമ്പോൾ വിശ്വാസികളോട് തങ്ങളുടെ ദൈവശാസ്ത്രപരമായ വ്യക്തിത്വവും രാഷ്ട്രീയ നിലപാടുകളും വേർപെടുത്താൻ ആവശ്യപ്പെടുന്നത് ജനാധിപത്യപരമായ നീതിയല്ലെന്നാണ് ഹേബർമാസ് വാദിക്കുന്നത്. പൗരന്മാർക്ക് തങ്ങളുടെ ബോധ്യങ്ങൾ മതപരമായ ഭാഷയിൽ തന്നെ അവതരിപ്പിക്കാൻ അനുവാദമുണ്ടാകണമെന്നും, അത് ജനാധിപത്യ സംവാദങ്ങളുടെ വൈവിധ്യത്തെ പോഷിപ്പിക്കുമെന്നും അദ്ദേഹം സമർത്ഥിക്കുകയാണ് ചെയ്തത്.

സഭയെയും ഭരണകൂടത്തെയും വേർതിരിക്കുക എന്ന മൗലിക തത്വം സംരക്ഷിക്കപ്പെടണമെന്ന് നിർബന്ധിക്കുന്ന ഹേബർമാസ്, ഇതിനായി 'ഇൻസ്റ്റിറ്റ്യൂഷണൽ ട്രാൻസ്ലേഷൻ പ്രൊവൈസോ' (Institutional translation proviso) എന്ന തന്റെ സുപ്രധാനമായ ആശയം മുന്നോട്ടുവെച്ചു. നിയമപരമായി നടപ്പിലാക്കേണ്ട എല്ലാ രാഷ്ട്രീയ തീരുമാനങ്ങളും മതരഹിതമായ (Secular) കാരണങ്ങളെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ളതായിരിക്കണം എന്നതാണ് ഇതിന്റെ കാതൽ. ഈ പ്രക്രിയയിൽ വിശ്വാസികളും അവിശ്വാസികളും ഒരേപോലെ സഹകരിക്കേണ്ടതുണ്ട്. വിശ്വാസികൾ തങ്ങളുടെ ബോധ്യങ്ങളെ വിവർത്തനം ചെയ്യാൻ ശ്രമിക്കുമ്പോൾ, അവിശ്വാസികൾ മതപരമായ ഉൾക്കാഴ്ചകളിലെ സാർവത്രിക സത്യങ്ങളെ ഗ്രഹിക്കാൻ ശ്രമിക്കുന്ന ഒരു 'പരസ്പര പഠന' പ്രക്രിയയാണ് ഇവിടെ സംഭവിക്കുന്നത്. തത്ത്വചിന്താപരമായ യുക്തിചിന്ത, മതവിശ്വാസത്തിലെ ധാർമ്മിക സത്യങ്ങളെ ഉൾക്കൊള്ളാൻ പാകത്തിൽ വികസിക്കണമെന്ന് ഇതിലൂടെ ഹേബർമാസ് വാദിക്കുകയായിരുന്നു.

പാശ്ചാത്യ ധാർമ്മികതയുടെ രൂപീകരണത്തിൽ ക്രിസ്ത്യൻ ദൈവശാസ്ത്രം വഹിച്ച പങ്കിനെ അദ്ദേഹം ഈ പശ്ചാത്തലത്തിൽ വിശകലനം ചെയ്യുന്നുണ്ട്. ഉദാഹരണത്തിന്, മനുഷ്യൻ 'ദൈവത്തിന്റെ സാദൃശ്യത്തിൽ' സൃഷ്ടിക്കപ്പെട്ടു എന്ന മതപരമായ സങ്കൽപ്പത്തെ 'മനുഷ്യാന്തസ്സ്' (Human dignity) എന്ന സാർവത്രികമായ മൗലികാവകാശത്തിലേക്ക് വിവർത്തനം ചെയ്തപ്പോഴാണ് അത് ആഗോളതലത്തിൽ സ്വീകാര്യമായത്. ഇത്തരം 'സംരക്ഷണാത്മക വിവർത്തനങ്ങൾ' (Saving translation) വഴി മതത്തിലെ ദർശനങ്ങൾ മതസമൂഹത്തിന് പുറത്തുള്ളവർക്കും ലഭ്യമാകുന്നു എന്നതാണ് ഗുണപരമായ കാര്യം. എന്നിരുന്നാലും, മതപരമായ അനുഭവങ്ങളെ പൂർണ്ണമായും തത്ത്വചിന്തയിലേക്ക് വിവർത്തനം ചെയ്യാൻ കഴിയില്ലെന്ന പരിമിതിയും അദ്ദേഹം ഇതോടൊപ്പം തന്നെ വ്യക്തമാക്കുന്നുണ്ട്.

മതപരമായ സങ്കൽപ്പങ്ങളിൽ അന്തർലീനമായ ആഴമേറിയ ധാർമ്മിക സത്യങ്ങളെ ആധുനിക മതരഹിത സമൂഹത്തിന് സ്വീകാര്യമായ രീതിയിലേക്ക് പരിവർത്തിപ്പിക്കുന്ന പ്രക്രിയയാണ് 'സംരക്ഷണാത്മക വിവർത്തനം'. ഒരു പ്രത്യേക മതവിഭാഗത്തിന് മാത്രം മനസ്സിലാകുന്ന പരിമിതമായ ഭാഷയിൽ നിന്ന് സാർവത്രിക യുക്തിയുടെ ഭാഷയിലേക്ക് ആശയങ്ങൾ മാറുമ്പോൾ, അവയുടെ ധാർമ്മിക മൂല്യം നഷ്ടപ്പെടാതെ സംരക്ഷിക്കപ്പെടുന്നു. ബൈബിളിലെ സൃഷ്ടിപരമായ സങ്കൽപ്പങ്ങളിൽ നിന്ന് 'മനുഷ്യാന്തസ്സ്' എന്ന രാഷ്ട്രീയ മൂല്യം രൂപപ്പെട്ടത് ഇതിന് ഉത്തമ ഉദാഹരണമാണ്. ഇത്തരമൊരു വിവർത്തനത്തിലൂടെ വിശ്വാസികൾക്കും അവിശ്വാസികൾക്കും ഒരുപോലെ അംഗീകരിക്കാൻ കഴിയുന്ന ഒരു പൊതു മണ്ഡലം (Public sphere) നിലവിൽ വരുന്നു എന്ന് ഹേബർമാസ് വിശ്വസിക്കുന്നു. ഈ 'സംരക്ഷണാത്മക വിവർത്തനം’ എത്രത്തോളം പരിപൂർണ്ണമാണ്, അല്ലെങ്കിൽ സാർവത്രികം എന്ന് പറയപ്പെടുന്ന യുക്തി ഭാഷക്ക് എത്രത്തോളം മത കാര്യങ്ങൾ ഉൾക്കൊള്ളാൻ കഴിയും എന്നതും പ്രധാനപ്പെട്ട ചോദ്യമായി ഇവിടെ അവശേഷിക്കുന്നുണ്ട്.

ആധുനിക ജനാധിപത്യ സംവിധാനങ്ങളിൽ 'മനുഷ്യാന്തസ്സ്' (Human dignity) എന്നത് കേവലം ഒരു പദപ്രയോഗമല്ല, മറിച്ച് നിയമവ്യവസ്ഥയുടെയും പൗരാവകാശങ്ങളുടെയും അടിസ്ഥാന ശിലയായിട്ടാണ് കാണപ്പെടുന്നത്. ഭരണകൂടങ്ങൾക്കോ ഭൂരിപക്ഷാധിപത്യത്തിനോ പോലും ലംഘിക്കാൻ കഴിയാത്തവിധം പവിത്രമായ ഒരു രാഷ്ട്രീയ മൂല്യമായി ഇത് പരിഗണിക്കപ്പെടുന്നുണ്ട്. മതപരമായ സ്രോതസ്സുകളിൽ നിന്ന് ഉത്ഭവിച്ചതാണെങ്കിലും, വിവർത്തന പ്രക്രിയയിലൂടെ യുക്തിസഹമായ ഒരു രാഷ്ട്രീയ തത്വമായി പരിവർത്തിപ്പിക്കപ്പെട്ടതിനാൽ, ഏതൊരു പൗരനും ഇതിന്റെ അടിസ്ഥാനത്തിൽ നീതി ആവശ്യപ്പെടാൻ സാധിക്കുന്നു എന്നതും ഒരു വസ്തുതയാണ്. മതപരമായ ഉൾക്കാഴ്ചകൾ എങ്ങനെയാണ് ഒരു സമൂഹത്തിന്റെ പൊതുവായ ധാർമ്മിക അടിത്തറയെ ശക്തിപ്പെടുത്തുന്നത് എന്നതിന്റെ ഉത്തമ ഉദാഹരണമായിട്ടാണ് അന്വേഷകർ ഇതിനെ കണക്കാക്കുന്നത്.

ഈ വിവർത്തന പ്രക്രിയയെ ഒരു 'പരസ്പര പഠന' (Mutual learning) സംരംഭമായാണ് ഹേബർമാസ് വിഭാവനം ചെയ്യുന്നത്. മതവിശ്വാസികൾ തങ്ങളുടെ ബോധ്യങ്ങളെ യുക്തിസഹമായ ഭാഷയിൽ അവതരിപ്പിക്കാൻ പഠിക്കുമ്പോൾ, മതരഹിതരായ പൗരന്മാർ മതങ്ങളെ കേവലം അന്ധവിശ്വാസങ്ങളായി തള്ളിക്കളയാതെ അവയിൽ അന്തർലീനമായ മാനുഷിക മൂല്യങ്ങളെ തിരിച്ചറിയാൻ ശീലിക്കുകയാണ് വേണ്ടത് എന്നതാണ് അദ്ദേഹത്തിന്റെ നിലപാട്. ഇത്തരത്തിലുള്ള വിനിമയം ആധുനിക സമൂഹങ്ങളിലെ വിഭാഗീയത ലഘൂകരിക്കാനും ജനാധിപത്യപരമായ സംവാദങ്ങളെ കൂടുതൽ അർത്ഥവത്താക്കാനും സഹായിക്കുന്നു എന്നാണ് കാരണമായി മുന്നോട്ടുവെക്കുന്നത്. ബഹുസ്വരത നിറഞ്ഞ ഒരു ലോകത്ത് സമാധാനപരമായ സഹവർത്തിത്വം സാധ്യമാകണമെങ്കിൽ ഇത്തരമൊരു തുറന്ന സമീപനം അനിവാര്യമാണെന്ന് അദ്ദേഹം സമർത്ഥിക്കുകയാണ് ഈ നിലപാടിലൂടെ.

മതത്തെയും ജനാധിപത്യത്തെയും കുറിച്ചുള്ള ഹേബർമാസിന്റെ നിരീക്ഷണങ്ങളുടെ പ്രസക്തി യഥാർത്ഥത്തിൽ, ആധുനികാനന്തര സമൂഹത്തെ സംബന്ധിച്ച ഒരു ബൃഹദ് ആഖ്യാനം (Grand narrative) ചമയ്ക്കുന്നു എന്നതിലല്ല, മറിച്ച്, മതത്തിന്റെ നാശത്തെ പ്രവചിക്കുന്ന പരമ്പരാഗത സെക്യുലറൈസേഷൻ സിദ്ധാന്തത്തിന്റെ അനുഭവപരവും മാനദണ്ഡപരവുമായ മുൻധാരണകളെ അവ വിമർശനാത്മകമായി ചോദ്യം ചെയ്യുന്നു എന്നതിലാണ്. യുക്തിക്കും സ്വാതന്ത്ര്യത്തിനും വിഘാതമായി നിൽക്കുന്ന ഭൂതകാലത്തിന്റെ അവശിഷ്ടമായി മതത്തെ ചിത്രീകരിക്കുന്ന ഫ്യൂർബാഹ്, മാർക്സ്, ഫ്രോയിഡ് തുടങ്ങിയവരുടെ (ആദ്യകാലത്ത് ഹേബർമാസും ഈ ചിന്ത പങ്കുവെച്ചിരുന്ന) വിരുദ്ധ നിലപാടുകളെ അദ്ദേഹം തിരുത്തുകയാണ് ഇവിടെ ചെയ്യുന്നത്. ഇതിന്റെ അടിസ്ഥാനത്തിൽ സമകാലിക തത്ത്വചിന്താപരവും രാഷ്ട്രീയവുമായ ചർച്ചകളിൽ ഹേബർമാസിന്റെ സമീപകാല കൃതികൾ ചില പ്രധാന വെല്ലുവിളികളും ഉൾക്കാഴ്ചകളും മുന്നോട്ടുവെക്കുന്നുണ്ട് എന്ന് അദ്ദേഹത്തിന്റെ നിരൂപകർ അവകാശപ്പെടുന്നുണ്ട്. അതിങ്ങനെ ചുരുക്കാം, ആധുനികതയുടെ വികാസത്തിനനുസരിച്ച് മതം കൈവരിച്ച പരിവർത്തനങ്ങളെ തിരിച്ചറിയുന്നതിൽ പാരമ്പര്യ സെക്യുലറിസ്റ്റുകൾ പരാജയപ്പെട്ടുവെന്ന് ഹേബർമാസ് നിരീക്ഷിക്കുന്നു. ആധുനിക കാലഘട്ടത്തിലെ ആത്മീയതയുടെ പുനരുജ്ജീവനം, ജനാധിപത്യവും മതവും തമ്മിലുള്ള സങ്കീർണ്ണമായ ഇടപെടലുകൾ, ധാർമ്മികമായ ഭാവനകളിൽ മതത്തിനുള്ള സ്വാധീനം എന്നിവ പലപ്പോഴും അവഗണിക്കപ്പെട്ടു. മതവും ആധുനികതയും തമ്മിലുള്ള ബന്ധം ഒന്നില്ലാതാകുമ്പോൾ മറ്റൊന്ന് വളരുന്ന ഒരു 'സീറോ-സം ഗെയിം' (Zero-sum game) അല്ലെന്ന് സാമൂഹിക ഗവേഷണങ്ങൾ വ്യക്തമാക്കുന്നുണ്ട്. പടിഞ്ഞാറൻ യൂറോപ്പിലെ പള്ളികളിൽ വിശ്വാസികളുടെ എണ്ണം കുറയുമ്പോഴും, യുവതലമുറയ്ക്കിടയിൽ നവീനമായ ആത്മീയതയോടുള്ള താല്പര്യം വർദ്ധിക്കുന്നത് ഇതിന് ഉദാഹരണമാണ്.
ഹേബർമാസിന്റെ അഭിപ്രായത്തിൽ ലോകത്തെ പ്രബല മതങ്ങളെല്ലാം തന്നെ വിവിധങ്ങളായ ആധുനികവൽക്കരണ പ്രക്രിയകളിലൂടെ കടന്നുപോകുന്നുണ്ട്. മതങ്ങൾ സ്വയം നടത്തുന്ന ഇത്തരം 'പഠന പ്രക്രിയകൾ' (Learning processes) ജനാധിപത്യപരമായ പങ്കാളിത്തത്തെയും സാമൂഹിക ഐക്യത്തെയും പിന്തുണയ്ക്കാൻ അവയെ പ്രാപ്തമാക്കുയാണ് ചെയ്യുന്നത്. പൊതുസമൂഹത്തിൽ മനുഷ്യാവകാശ ലംഘനങ്ങളെക്കുറിച്ചോ ഐക്യദാർഢ്യത്തിന്റെ അഭാവത്തെക്കുറിച്ചോ ഉള്ള ധാർമ്മിക ബോധം ശുഷ്കമാകുമ്പോൾ, മാനവികതയ്ക്ക് "എന്താണ് നഷ്ടപ്പെടുന്നത്" എന്നതിനെക്കുറിച്ചുള്ള തിരിച്ചറിവ് നൽകാൻ മതത്തിന് സാധിക്കുമെന്ന് അദ്ദേഹം വിശ്വസിക്കുന്നു. വിശ്വാസികൾക്കും അവിശ്വാസികൾക്കും ഒരുപോലെ മതപരമായ മൂല്യങ്ങളിൽ നിന്ന് ഇത്തരം നൈതിക പ്രേരണകൾ ഉൾക്കൊള്ളാൻ സാധിക്കുമെന്നതാണ് ഇതിന്റെ പ്രധാന സവിശേഷതയായി അദ്ദേഹം കാണുന്നത്.